La storia, il motivo per cui Hyrule Warriors: l’Era della Calamità esiste è ormai noto. L’avventura di Koei Tecmo e Nintendo racconta i cento anni che precedono The Legend of Zelda: Breath of the Wild, andando a scoprire proprio come i Campioni e Zelda hanno affrontato la Calamità Ganon, e come Hyrule sia poi stata distrutta. A conti fatti, non poteva che essere un musou il tipo di videogioco più adatto. La prima missione è proprio una gigantesca battaglia davanti al Castello di Hyrule, dove prendiamo il controllo di Link in versione soldato reale. Dopo aver preso confidenza con i semplici comandi, e aver fatto la conoscenza di una giovanissima e caparbia Impa, inizia la lunga cavalcata che porterà i nostri eroi ad affrontare Ganon.